L'allestimento attuale del Museo, realizzato nel 1989, permette di mettere a fuoco la stratigrafia del territorio sul quale gravita Pescia, che contiene tracce che vanno dalla Preistoria fino all'Ottocento.
Il materiale è stato suddiviso in sezioni , e organizzato in un percorso didattico in modo da contestualizzare il più possibile gli oggetti e renderli, così, comprensibili a tutti.
La sezione mineralogica contiene minerali di provenienza estera ma, soprattutto, locale, mentre quella paleontologica contiene fossili, la cui formazione è stata ricostruita con l'ausilio di grafici, disegni e foto.
Significativo è lo spazio riservato alla preistoria umana, dove si vuole ripercorrere lo sviluppo dell'uomo dal punto di vista fisico, con calchi di cranio e con l'ausilio di pannelli esplicativi, e dal punto di vista intellettuale, con la riproduzione di modelli abitativi in grado di darci uno spaccato di vita in tempi lontani dai nostri.
Possiamo ancora visitare le sezioni archeologica, con animali tassidermizzati, parte della sezione e dei laboratori tattili del museo, dove sono presenti, riprodotti e corredati da una guida in braille, gli oggetti più significativi delle varie sezioni del museo.
La struttura all'interno della quale, a partire dal 1989, si trova il Museo Civico è alquanto singolare.
Il volume dell'edificio, progettato nel 1963 da G. G. Gori, poggia su pilastri, che creano uno spazio aperto, interamente percorribile al piano terreno, mentre il primo e unico piano è un blocco compatto che interagisce con l'esterno grazie ad ampi finestroni ed una volta a vela a copertura dell'ambiente centrale.
Sono inoltre a disposizione degli utenti una biblioteca-videoteca interna e di nuovi laboratori didattici per le scuole e l'Università del Tempo Disponibile.